Основные опасения против реализации подобного рода проектов сформулировал вице-премьер Аркадий Дворкович.
— Первое и главное – возможный экологический урон озеру, и так находящемуся в тройном опасном положении. Одна опасность связана с обмелением из-за погодных условий. Вторая связана с все более увеличивающимся загрязнением рек, впадающих в великое озеро. Наконец, энергетические планы Монголии на реке Селенга грозят существенно уменьшить сток. Проведение водного трубопровода от Байкала в Монголию и Китай угрожает окончательно разрушить водный баланс Южной Сибири, а забор воды существенно севернее – намного более дорог, качество воды – ниже, да и могут возникнуть подобные же проблемы.
— Второе сомнение связано с не менее очевидной «сырьевой» сутью «водного проекта». Как выразился вице-премьер, «из воды» можно произвести электричество, использовать его на производство алюминия, а из алюминия наштамповать массу дорогого и интересного. В таком ключе, продажа «просто воды», гораздо менее интересна. С другой стороны, если человеку нечего пить, то ему совсем не интересны изделия из алюминия. А, дефицит воды в Монголии и северных провинциях Китая становится все более жестоким. За годы промышленной революции, Китай потерял более 30 тыс. источников водных ресурсов. Дефицит питьевой воды испытывает более 400 китайских городов.
В качестве паллиативного решения смотрятся перевозки воды возвратом контейнерного парка от транзита китайских товаров через территорию России. Или, формирование специального контейнерного же поезда между точкой водозабора и точкой выгрузки воды. Впрочем, нет уверенности, что такая вода не обойдется чрезмерно дорого. По крайней мере, китайский бизнес, готовый вложиться в дорогостоящую трубопроводную инфраструктуру, пока даже не рассматривает такой, казалось бы, очевидный вариант.